Летопись истории храма начинается с начала XIX века. Возводился он долго, но очень основательно. В 1822 году была построена небольшая по размерам церковь. С её возведением все большое население было официально зарегистрировано селом Байки. В 1883 году уже каменная церковь имела два престола, позолоченный семиярусный иконостас стоимостью 40 000 рублей золотом, купол пять метров диаметром и пятнадцать метров в высоту, семь колоколов. Согласно историческим документам, храм посетил император Александр II, проездом посетивший местные земли.
В 1937 году по решению местных властей церковь подверглась разрушению. Настенные фрески были вырублены топорами, деревянные полы разобраны, богатейший иконостас разграблен властями и жителями села и вывезен. Здание храма приспособили под складское помещение, а в 60-е годы передано под местный клуб.
В 2005 году здание передано местной православной организации. Но время и руки злых людей не пощадили стен Святыни. Сегодня храм находится в плачевном состоянии. Все деревянные конструкции истлели, кровля разрушена, стены и фундамент местами деформированы. Силами местного населения территория храма ограждена, разобраны завалы от мусора.
Средств на начало реконструкции храма нет. Ориентировочная стоимость восстановительных работ исторического памятника составляет 38 млн рублей. В 2013 году на средства одного частного благотворителя произведены геолого-изыскательные работы.
Фото храма и исторические сведения предоставлены жителем села Байки Владимиром Юсуповым.